Dne 18. června 2018 byla, v návaznosti na usnesení vlády ze dne 21. června 2017 č. 467 o uložení povinnosti využívat Národní elektronický nástroj při zadávání veřejných zakázek, vydána ministryní pro místní rozvoj nová pravidla používání NEN. Dokument vymezuje systém NEN, základní práva a povinnosti subjektů pohybujících se v systému (zadavatel, dodavatel, správce, provozovatel) a rozsah funkcionalit, které NEN nabízí.