O schválení systému certifikovaných dodavatelů rozhoduje MMR ve správním řízení na základě žádosti správce, kterým může být libovolná právnická osoba. V rámci řízení MMR posuzuje mj. navržená pravidla systému, vymezení kategorií veřejných zakázek, na které se systém certifikovaných dodavatelů vztahuje, nebo vymezení dokladů, které budou vyžadovány po dodavatelích.